Man vet idag inte vad som gör att man drabbas av Crohn och varför man får återkommande skov men man har lite olika lettrådar. En hypotes är att man utvecklar inflammationen på grund av att kroppens immunförsvar reagerar mot den normala bakteriefloran i tarmen hos genetiskt predisponerade individer. Samspelet mellan mikrobiota (bakteriefloran i tarmen), skador i tarmytans \"barriärfunktion\" och den lokala tarmslemhinnans immunförsvar bedöms vara viktiga, liksom yttre faktorer som kan påverka detta samspel.

Nyligen skrev man i en välrennomerad tidskrift (Nature) att ca 23% av den ärftliga benägenheten vid Crohn idag kan förklaras efter en stor studie av 22 000 patienter med Crohns sjukdom och 29 000 kontrollpersoner hade undersökts så det finns fortfarande mycket att ta reda på. Fram tills nyligen var det väldigt kostsamt och svårt att kartlägga gener och människans arvsmassa men här har teknik och datorer revolutionera området- så sista åren har kunskapen här exploderat vilket gör att vi lär oss mer, nya mediciner kan tas fram vilket förhoppningsvis kommer ge stora förbättringar av den vård vi kan erbjuda och kanske i framtiden också kunna förhindra insjuknande hos riskindivider.