Ny genanalys ökar chansen att hitta rätt diagnos vid sällsynt hälsotillstånd

Med ett sällsynt hälsotillstånd, sjukdom eller diagnos menar man att färre än 5 av 10 000 i befolkningen har tillståndet. 

Det uppskattas att det finns omkring 7000 olika sällsynta hälsotillstånd och ungefär fem procent av Sveriges befolkning beräknas leva med ett sällsynt hälsotillstånd. Det innebär att omkring en halv miljon människor lever med ett sällsynt hälsotillstånd. Att leva med ett sällsynt hälsotillstånd är alltså inte ovanligt i sig, däremot är det få som lever med ett och samma tillstånd. 

Sällsynta hälsotillstånd innebär många svårigheter

Att leva med ett sällsynt hälsotillstånd kan innebära många svårigheter. För många tar det lång tid att få en diagnos, och det innebär i sin tur att det dröjer innan man får rätt vård och behandling. Det finns även många som aldrig får någon diagnos, vilket kan bero på att det inte finns tillräcklig kunskap om tillståndet inom vården, eller så har man som patient inte fått möjlighet att remitteras vidare för ytterligare utredning. Även detta leder till att man inte får den vård och det stöd som man kan behöva. 

Det som dock är positivt är att det pågår mycket forskning om sällsynta hälsotillstånd. Forskningen och nya tekniker bidrar inte bara med ökad kunskap om och förståelse för kända sjukdomar, utan är även avgörande för att identifiera tidigare okända tillstånd.

Tekniken för genetisk analys har utvecklats snabbt

Ett område där utvecklingen gått på rekordfart är analyser av gener, där man alltså kartlägger sjuka personers arvsmassa för att hitta de genetiska förändringar som ger upphov till sjukdomssymtomen.

Det finns flera olika sätt att kartlägga arvsmassa, antingen kartläggs delar av arvsmassan eller hela arvsmassan. Det sistnämnda kallas för helgenomsekvensering, eller på engelska whole genome sequencing, WGS. 

En som arbetar med det här är Hans Ehrencrona som är docent och överläkare i klinisk genetik vid verksamhetsområde klinisk genetik och patologi, Labmedicin i Region Skåne och Lunds universitet. 

Hans och hans kollegor som arbetar med klinisk genetik söker efter det som ofta kallas för monogena sjukdomar. Monogena sjukdomar är ärftliga sjukdomar som orsakas av enskilda gener.

– Om man idag ska göra helgenomsekvensering inom vården så handlar det om klassiska ärftliga sjukdomar, där en eller kanske två genetiska mutationer orsakar sjukdomen, säger Hans och fortsätter:

– Vi letar bara efter de här väldigt ovanliga och väldigt allvarliga skadorna på DNA som kan ge en starkt ärftlig sjukdom. Av alla de sällsynta diagnoserna tror vi att runt 80-85 procent är ärftliga på det här sättet. Sedan finns det andra sällsynta diagnoser som inte är genetiska, men det är en minoritet, säger han.  

Det Hans och kollegorna i Lund inte jobbar med är mer vanliga sjukdomar som kan ha en ärftlig komponent, såsom allergier, diabetes och hjärtinfarkt. Dessa sjukdomar är mer komplexa och har ofta sin förklaring i många olika riskfaktorer och ”riskgener”. 

– De här sjukdomarna beror inte på enkla genetiska samband, utan de kan bero på massa olika saker och det är inte det vi letar efter i dagens analyser inom sjukvården, säger Hans. 

Samtidigt utesluter han inte att man i framtiden kommer att använda liknande tekniker på många andra sätt inom hälso- och sjukvården än vad man gör idag. Kanske kommer man om några år ha möjlighet att titta på en sammanvägning av många olika riskgener för att exempelvis se vilka inom en befolkning som har hög risk för att utveckla specifika cancersjukdomar och vilka som inte har det. På så sätt skulle man kunna utveckla mer tidsbesparande och kostnadseffektiva screeningprogram. Men där är vi alltså inte idag. 

”Kan ersätta äldre tekniker för analys av arvsmassa” 

Den stora styrkan med dagens helgenomsekvensering är att man kan ersätta det stora flertalet metoder som tidigare använts (och fortfarande används på många ställen) för att analysera arvsmassa, menar Hans.  

– Förut var man tvungen att använda massa olika analyser, som var för sig kostade nästan lika mycket att utföra som en helgenomsekvensering gör idag. Dels tog det mycket längre tid för patienten, åratal eller kanske decennier, innan man kunde få en diagnos. Nu kan man göra det mycket snabbare, säger han. 

Ett problem med att behöva göra många olika tester med olika tekniker kan också riskera leda till att patientens diagnostik avslutas innan den egentligen är färdig, menar han.

– Om man var tvungen att använda väldigt många tekniker så kanske man först gjorde de mest sannolika, och fick man inte svar då så gjorde man teknik nummer två eller tre. Och någonstans gav den behandlande läkaren upp. Det här kan nu väldigt många patienter slippa. 

Hans understryker dock att man inte heller med den nya metoden kan förklara alla sällsynta hälsotillstånd. 

– Vi brukar säga att vi kan förklara knappt hälften. Men sanningen är att det till mycket stor del beror på vilken frågeställning, vilken sjukdom man analyserar. Ibland är det uppåt 80 procent som vi kan förklara och ibland är vi nere på 10 procent. Men den där genomsnittssiffran, alltså att vi ligger på strax under 50 procent, är ändå utifrån vår synvinkel ett fantastiskt framsteg jämfört med hur det var för bara tio år sedan, säger Hans.  

Kostnaden per patient har sjunkit drastiskt

En annan sak som Hans tycker är fantastiskt är att kostnaden för helgenomsekvensering sjunkit drastiskt på kort tid. 

– När de lanserade det humana genomprojektet, då Bill Clinton skakade hand med några forskare i början av 2000-talet räknade man ut att det hade kostat ungefär tre miljarder dollar att ta fram det första. Och nu är själva sekvenskostnaden under 10 000 kronor per patient, även om personalkostnader tillkommer. Så det är en fantastisk teknik- och prisutveckling som har gjort det här möjligt att göra inom sjukvården. För bara fem år sedan var det för dyrt att göra, säger han. 

Sveriges sjukvård ligger i framkant med helgenomsekvensering

Tekniken med helgenomsekvensering finns även i många andra länder, men det är inte många som använder den i hälso- och sjukvården. Främst används den inom forskning och är då forskningsfinansierad, menar Hans. 

– Vi ligger väldigt bra till skulle jag säga. Det flesta kliniska labb ägnar sig fortfarande åt exomsekvensering, där man tittar på en och en halv procent av hela vår arvsmassa som kodar för proteiner. Och där hittar man de flesta sjukdomassocierade varianterna, så det är en billigare teknik, som har bra uppklarningsfrekvens för det den gör. Men helgenomsekvenseringen förklarar mer, definitivt. Så där tycker jag att vi har kommit fantastiskt långt i Sverige, i och med att vi nu gör det här på tre orter, säger Hans. 

Idag arbetar man med helgenomsekvensering i Lund, Stockholm och Göteborg. 

– Sedan finns det en ambition att även börja på andra orter, men det är inte riktigt igång ännu. 

Orsaken till att Sverige ligger i framkant med tekniken beror på lite olika saker, tror Hans. Bland annat var man i Stockholm tidiga med att introducera tekniken, vilket man i Lund och Göteborg fick draghjälp av. 

Det finns även ett nationellt projekt som arbetar för att fler ska kunna få tillgång till sekvenseringsteknik och genomik inom hälso- och sjukvården. Projektet heter Genomic Medicine Sweden (GMS) och aktörerna som medverkar i det kommer från flera olika håll, såsom hälso- och sjukvården, patientföreningar, universitet, SciLifeLab (forskningscentra) och näringslivet. 

– Inom GMS undergrupp för sällsynta diagnoser, GMS-RD, arbetar vi för att implementera helgenomsekvensering på alla kliniskt genetiska laboratorier i Sverige, säger Hans.

En annan orsak till varför Sverige ligger i framkant med den nya tekniken är att vi har en offentligt finansierad sjukvård som underlättar processerna för hur man får kostnadstäckning för olika satsningar inom vården. I andra länder kan olika försäkringssystem göra processen segare, menar Hans.

– Sedan har vi varit många som har argumenterat för detta och vi har även haft väldigt god förståelse från våra behandlande kollegor. Många har indikerat att man vill ha den här utredningen. Det är överlag ett väldigt stort intresse och en positiv inställning till detta. 

Så går det till vid helgenomsekvensering

Det man som patient behöver göra är att lämna ett blodprov. Vad som sker innan det, alltså vem som informerar om vad helgenomsekvensering är och hur det går till ser dock lite olika ut i de olika regionerna.

– Man får alltid prata med en läkare om vad som ska göras, men hur det är organiserat ser lite olika ut runt om i Sverige. Här i Södra sjukvårdsregionen hjälper vi primärt Skåne, Blekinge, Kronoberg och halva Halland. Och vi har arbetat rätt hårt för att den primära informationen om vad man gör och varför ska ligga på behandlande klinik. Men är man i exempelvis Stockholm så vill man oftast att patienterna ska komma till en läkare som mig, en som jobbar på klinisk genetik, säger Hans och fortsätter:

– Och om det inte är en akut analys så får man svar inom en till tre månader. Det är fortfarande väldigt komplexa dataanalyser, och det är enorma mängder data man måste gå igenom. Men tack vare datautveckling och sådant så har tiden kortats betydligt. 

Provet tas först till ett laboratorium där flera olika maskiner jobbar med det. Den mest centrala i flödet är en sekvensapparat. All genetisk data hamnar sedan som en enorm digital fil, berättar Hans.  

– Vi använder en mängd olika algoritmer och dataprogram för att vaska fram det relevanta från bruset så långt det går. 

Att detta görs med automatik är en grundförutsättning för att man ska kunna gå igenom all denna information. Alla människors genetiska data, även friska personer, kommer uppvisa ungefär tre miljoner varianter som avviker från den så kallade referenssekvensen. Därför går det helt enkelt inte titta på det manuellt.

– Men hur man än sitter och arbetar med det där så har man till sist kanske ett hundratal genetiska varianter som man måste bedöma manuellt idag, och där kommer vår profession in.

De som då tar över är naturvetare, oftast disputerade naturvetare som ansvarar för den automatiserade databearbetningen (bioinformatiker) och sitter och analyserar (sjukhusgenetiker).

– Och i slutet kommer en läkare som jag in och bedömer relevansen, säger Hans. 

Med tiden kan fler analyser ge svar 

Det är som sagt inte alla som, trots en helgenomsekvensering får något svar på vad det rör sig om för förändringar i arvsmassan. Det kan till exempel bero på på att det inte finns någon vetenskaplig publikation som har kopplat tillståndet till en specifik förändring i arvsmassan. 

– Men det har exploderat de senaste åren och det kommer nya associationer i vetenskapliga publikationer varenda vecka. 

Hans berättar om ett fall som han hade för en tid sedan, ett svårt sjukt barn. När Hans och kollegorna analyserade barnets arvsmassa en första gång hittade de ingen förklaring och ingen diagnos som kunde matcha. 

– Men sedan kom barnläkarna tillbaka efter bara någon månad och sa: ”Det här är så speciellt, så det måste väl ändå vara något ärftligt?” och då sa jag att vi kunde titta en gång till, men att det var osannolikt att det skulle kunna förklara det här, säger han och fortsätter: 

– Men under de fyra veckorna som gått från det första analyssvaret till den andra analysen, hade det kommit publikationer om förändringar i en gen som stämde exakt med den här patientens symtom. När vi tittade på det första gången så fanns ju inte den beskrivningen och då hade vi förstås inte möjlighet att tolka det. 

Hans menar att samma sak förmodligen kan komma att ske med många av de andra fallen som inte fick någon förklaring på sitt sällsynta hälsotillstånd när det gjordes en helgenomsekvensering. 

 – Där gömmer sig säkert mycket oförklarad genetik, säger han. 

– Vi försöker även hjälpa till med forskning med den typen av patienter, där vi ännu inte hittat någon förklaring. Men sjukvårdsanalysen måste förhålla sig till kända kopplingar mellan symtom och genetik. 

Så om man gör en helgenomsekvensering idag, där man inte hittar någonting, så kanske man i framtiden ändå kan hitta något som matchar?

– Exakt, det är också en styrka med analysen som man bör lyfta fram. Vi planerar att spara dem under en överskådlig framtid så man kan göra re-analyser, säger Hans. 

– Än så länge kan vi bara göra re-analyser om någon ställer en aktiv fråga, och det kräver en massa jobb av oss manuellt. Men vi hoppas på sikt att man ska kunna få det här mer och mer automatiserat. Då skulle man kunna låta datorer tugga om icke-förklarade patienter med en viss automatik. Men där är vi inte ännu, säger Hans. 

Lever du eller någon i din närhet med ett sällsynt hälsotillstånd?

Nu har du chansen att gå en utbildning om sällsynta hälsotillstånd samt delta i en enkätundersökning i ämnet. 

• Utbildningen är webbaserad och helt kostnadsfri att gå. Klicka här för att gå till utbildningen!
• I enkätundersökningen kan du delta som antingen lever med ett sällsynt hälsotillstånd eller som har en närstående som gör det. Klicka här för läsa mer och  delta i enkätundersökningen!